העיקרון בביקורת הפנימית, היא להוות ערך מוסף לפעולות בארגון , לסייע לארגון להשיג את מטרותיו
ולהגיע לשיפור האפקטיביות של תהליכי הבקרה, הפיקוח והשליטה לרבות ניהול סיכונים.

מטרות הביקורת הינם רבות ומגוונות, לרבות :

• בחינת תהליכי העבודה בארגון ותהליכי קבלת ההחלטות.
• הטמעת בקרות פנימיות מובנות בתוך התהליכים.
  איתור נקודות תורפה בתהליכים.
• הגברת יעילות העבודה בין הגורמים השונים בארגון.
• עמידה בחוקים, בתקנות ובנהלי העבודה שנקבעו.
• ניתוח סיכונים באמצעות סקר סיכונים ו/ או סקר בקרה פנימית.
• קביעת קוד אתי לארגון.